La historia de Antón Mestre es una historia real que nunca sucedió.

El doctor Martín Mestre, que es conocido en la profesión por su rectitud y ética personal, recibe la visita de Borja Larraz, un profesor universitario que pretende conseguir un trato de favor para su esposa. Ante las reticencias del oncólogo, Borja no duda en recurrir al chantaje emocional, utilizando para ello el salvoconducto con el que su abuelo Luis Larraz libró al abuelo del médico de morir fusilado en las tapìas del cementerio de San Eufrasio en los primeros días de abril de 1939.

Café de malta y achicoria cuenta cómo Martín va conociendo las vicisitudes de su abuelo Antón en el Jaén del final de la guerra, cuando vuelve del frente y es sometido a un proceso sumarísimo por Adhesión a la Rebelión. Su delito: ser soldado de reemplazo del ejercito republicano.

El médico termina descubriendo que la emisión del salvoconducto tuvo graves consecuencias para su familia y llega a conocer extremos que van a suponer un vuelco de ciento ochenta grados en la genealogía del protagonista.